Zahlreiche Holzkeller aus dem 12. Jahrhundert wurden während der Großgrabung von 2009 bis 2016 im Lübecker Gründungsviertel entdeckt. Die Jugendbauhütte fertigte zunächst Modelle in verschiedenen Maßstäben an. Die fast als standartisiert zu bezeichnende Zimmermannskonstruktion eines exemplarischen Kellers wurde im Anschluß auch im Originalmaß nachgebaut. Für die Rekonstruktion bearbeiteten die Teilnehmenden Eichenstämme zu Schwellen, Rähmen, Ständern, Wand- und Deckenbohlen. Vom Baumfällen bis zum Zusammensetzten der Bauteile vollzogen die Jugendlichen die Entstehungsgeschichte eines Holzkellers im Mittelalter nach und lernten greifbar traditionelle Bauweisen und Handwerkstechniken kennen. Höhepunkt dieses Projektes war die Ausstellung "Bewegte Zeiten. Archäologie in Deutschland"  im Berliner Gropiusbau, in der die Jugendbauhüttler vor den Besuchern die traditionellen Handwerkstechniken demonstrierten. Während dieser Ausstellung wurde der in Lübeck begonnene Keller fertiggestellt und zusammengebaut. Besucher hatten die Möglichkeit unter Anleitung zu Sägen oder zu Besäumen, wodurch das Projekt auch für junge Besucher an Attraktivität gewann. Durch die Interaktion mit den Besuchern und das Beantworten zahlreicher Fragen haben die Teilnehmer_innen einen völlig neuen Bezug zu dem Keller gewonnen.

Seit 2018 beschäftigt sich die Jugendbauhütte mit der Aufarbeitung Eduard Erdmanns bisher unaufgeführter Operette "Die entsprungene Insel". Die Figurinen des Stücks sind auf der Innenwand des denkmalgeschützten Pavillons verewigt, der früher zu Erdmanns Privatanwesen an der Flensburger Förde gehörte. Um diese Wandmalereien vor dem Verfall zu bewahren, bauten die Teilnehmer_innen eine Überdachung und legten eine Drainage. Zusätzlich zu der Erneuerung des Fussodens, befassten sie sich mit Nutzungskonzepten und Entwürfen für eine öffentliche Erschließung. Sie übertrugen das Typoskript in eine lesbare Form und verfassten Inhaltsangaben für die drei Akte. Außerdem analysierten die Teilnehmer_innen die Charaktere und ihre Beziehungen. In mehreren Workshops näherten sich die Jugendbauhüttler der Operette von verschiedenen Standpunkten. Eine Gruppe entwarf und nähte Kostüme, eine weitere Gruppe baute ein Modell für das Bühnenbild und entwarf Kulissen. Mit einer selbst verfassten Rahmenhandlung sollen einzelne Szenen als Sprechtheater zur Aufführung gebracht werden.

Die Lübecker Jugendbauhütte hat im Herbst 2012 in Zusammenarbeit mit der Gesellschaft Weltkulturgut  Hansestadt Lübeck e. V. den Brodtener Seetempel nach einer Lithographie aus dem St.-Annen Museum originalgetreu rekonstruiert.

Anlass war der Wunsch der Deutschen Stiftung Denkmalschutz (DSD), die Jugendbauhütten auf der Denkmal-Messe in Leipzig 2012 angemessen zu präsentieren.

Das Original wurde 1820 am Brodtener Ufer errichtet und fiel ein halbes Jahrhundert später 1872 der Ostsee-Sturmflut zum Opfer. Der Seetempel findet mehrfach Erwähnung in den „Buddenbrooks“ und kann als bedeutendes, leider nur noch in Drucken und Zeichnungen überkommenes Kulturerbe der Hansestadt Lübeck bezeichnet werden.

Als Blickfang wurde er zu besonderen Anlässen in Lübeck (Stadt der Wissenschaft 2012, Hansetage 2014, Tag des offenen Denkmals), zudem in Leipzig (Denkmalmesse) und Stralsund (Alter Markt) aufgebaut.

Zur Ausstellung „Augen auf! Thomas Mann und die Bildende Kunst“ fand er 2014/2015 seinen Platz im Garten des Behnhauses. Der sechseckig-symmetrische Seetempel hat eine Grundfläche von 10,2 qm. Einen Durchmesser von 3,50 m und eine Höhe von insgesamt 4,75 m. Die gesamte Konstruktion besteht aus Kiefernholz.

Am 17. und 18. Juni 2022 feierte die Lübecker Jugendbauhütte ihr 10+1 jähriges Bestehen mit einem Festakt auf der "Lisa von Lübeck" und einer Ausstellung im Schuppen "D" auf der Nördlichen Wallhalbinsel. Pünktlich zum Jubiläum erschien die Festschrift "2011-2021. 10 Jahre Jugendbauhütte Lübeck".